Zasada dezynfekcji podchlorynem sodu obejmuje trzy główne aspekty:
Kwas podchlorawy powstaje w wyniku hydrolizy, a kwas podchlorawy rozkłada się dalej, tworząc nowy ekologiczny tlen. Silne właściwości utleniające nowego ekologicznego tlenu denaturują substancje, takie jak białka na bakteriach i wirusach, zabijając w ten sposób patogenne mikroorganizmy.
Kwas podchlorawy może przenikać do bakterii (wirusów) i reagować z polimerami organicznymi, takimi jak białka bakteryjne (wirusowe), kwasy nukleinowe i enzymy, zabijając w ten sposób chorobotwórcze mikroorganizmy.
Jony chlorkowe wytwarzane przez kwas podchlorawy mogą znacząco zmieniać ciśnienie osmotyczne bakterii i wirusów, powodując utratę aktywności ich komórek i ich obumieranie.