Oprócz szkodliwych substancji w ściekach znajduje się niezliczona ilość bakterii i wirusów. Dlatego dezynfekcja chlorem jest szeroko stosowana do zabijania bakterii i wirusów znajdujących się w wodzie na etapie ścieku z wodociągów i oczyszczalni ścieków.
W uzdatnianiu przemysłowej wody chłodzącej obiegowej chlor stosuje się również do sterylizacji i usuwania glonów. W procesie obiegu wody chłodzącej, w wyniku odparowania części wody, składniki odżywcze zawarte w wodzie ulegają koncentracji, a bakterie i inne mikroorganizmy będą się namnażać w dużych ilościach i łatwo tworzyć śluz. Zbyt duża ilość brudu ze szlamu doprowadzi do zablokowania rury i korozji.
Chlorowanie zwykle polega na wstrzykiwaniu chloru do wody w celu zabicia bakterii i innych mikroorganizmów, zwykle w chlorze butelkowanym.
Aby utrzymać działanie bakteriobójcze, resztkowy chlor powinien być zawsze utrzymywany na poziomie {{0}},5 ~ 1mg/L w odprowadzanej wodzie i na końcu sieci wodociągowej w 0 0,05 ~ 0,1 mg/l.